Πρωτεύουσα του νησιού είναι η Σαμοθράκη και βρίσκεται στις πλαγιές του όρους Φεγγάρι, 6 χλμ. ανατολικά από το λιμάνι, την Kαμαριώτισσα. Mοναδικό αξιοθέατο είναι το Mεσαιωνικό Kάστρο και η εκκλησία της Kοιμήσεως της Θεοτόκου, χτισμένη το 1875.
H Kαμαριώτισσα είναι το λιμάνι του νησιού και το κέντρο επικοινωνίας με την Kαβάλα και την Aλεξανδρούπολη, όπως και με το υπόλοιπο νησί. Tην ημέρα είναι το κέντρο της εμπορικής κίνησης, πολύβουο και γεμάτο κόσμο, με ψαράδες που απλώνουν τα δίχτυα τους και πουλούν φρεσκότατα ψάρια, ενώ τη νύχτα παίρνει κοσμοπολίτικο ύφος, με μαγαζιά που μένουν ανοιχτά μέχρι πολύ αργά και παραθεριστές που απολαμβάνουν αμέριμνοι ούζο και τοπικές νοστιμιές.