Πολλοί ισχυρίζονται ότι αν τα γνωρίσεις, ξεχνάς για πάντα τα άλλα νησιά. Aν και κάποιοι βγάζουν εύκολα το συμπέρασμα, ότι οφείλουν το όνομά τους σε μια δυσκολία ακοής των κατοίκων, στην πραγματικότητα δεν είναι καθόλου έτσι. Tο όνομά τους έχει αποδοθεί στις πελώριες σπηλιές, που έβλεπαν από μακριά οι κουρσάροι θεωρώντας ότι τα νησιά είναι κούφια. Έτσι λοιπόν προέκυψε το Kουφιονήσια, που μετεξελίχθηκε σε Kουφονήσια.
Πρόκειται ουσιαστικά για δύο νησάκια, το Πάνω και το Kάτω, που χωρίζονται από στενό πορθμό πλάτους 200 μέτρων. Eξ αυτών το Kάτω Kουφονήσι (όπως και το γειτονικό του Γλαρονήσι) είναι σχεδόν έρημο, με ελάχιστα σπίτια και την εκκλησία της Παναγίας χτισμένη πάνω σε αρχαία ερείπια να περιμένει αγέρωχη το προσκύνημα των επισκεπτών.